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这说明大顺政权在当时仍有相当威望，城中官民对此后局势的变化尚难逆料。
清军在山海关地区作了短暂的休整，即向北京进发。
四月三十日晚上，多尔衮在蓟县获悉大顺军已经撤离北京，命令多铎、阿济格和吴三桂等带领精兵火速追击，目的是进一步重创大顺军，尽量截留被大顺军运走的金银财物。
他自己率领部分兵力于五月初二日由朝阳门进入北京。
当时北京城里的官绅士民并不清楚吴三桂已经投降清朝等情况，纷纷传说吴军杀败大顺军，夺回明太子朱慈烺，即将送回北京即位，因此准备了皇帝的卤簿法驾出城迎接。
没想到昂然而来的是清摄政王多尔衮，许多人大吃一惊偷偷溜走，少数官僚则将错就错地把多尔衮迎入劫后仅存的武英殿，拜倒在爱新觉罗皇室脚下。
五月初八日，清军在庆都（今河北省望都县）城东追上大顺军。
李自成命蕲侯谷英率兵阻击，被清军击败，谷英阵亡。
接着，清军又在真定（今河北省正定县）再次获胜。
大顺军在畿辅已无法立足，经井陉退入山西，留精兵扼守固关。
追击的清军于五月十二日返回北京。
清军占领北京之后，多尔衮严禁抢掠，停止剃发，为明崇祯帝朱由检发丧，博得了汉族士绅的好感，然后迎请顺治小皇帝赴京登基，很快稳定了占领区内的形势。
顺治元年（1644年）六月，多尔衮与诸王贝勒大臣商议决定，迁都北京。
清廷迁都北京既是出于统一中原、雄霸九州的目光，也是基于退可出关外的战略考虑。
清廷以多尔衮为首者认为要“以图进取”
，必须迁都北京，只有占据这个关口才能进而统一全国，“以建万年不拔之业”
。
八月二十日，清朝开始迁都。
九月，顺治帝从盛京（沈阳）到达北京。
十月初一，顺治帝在皇极门（顺治二年改称太和门）向全国颁布登基诏书，清王朝正式定都北京，开始了以北京为都城的长达260多年的统治。
顺治元年（1644年）十月，清军分南北两路进攻大顺军：北路由英亲王阿济格、吴三桂、尚可喜率领经大同、榆林、延安南下，南路由豫亲王多铎、孔有德率领经河南进攻潼关。
同时，肃亲王豪格率领的一部清军业已占领河南、山东一些地方。
翌年（1645年）正月，多铎在潼关击败大顺军，李自成率主力连夜撤回西安。
潼关为清军所占，入陕门户洞开。
阿济格部清军进入陕北后，以一部分兵力围攻据守榆林、延安的李过、高一功部大顺军，自己领兵南下西安。
自此，李过、高一功部被切断了往西安的退路，被迫放弃陕北，取道汉中，由四川入鄂。
在清军两路重兵合击下，李自成不得不放弃西安，取道商洛、豫西，转入湖广襄阳。
占领西安后，清廷命多铎部东进南京，摧毁弘光政权，命阿济格部继续追击大顺军。
此时，50万大顺军已是军心涣散、纪律松懈、指挥混乱，在清军追击下，在襄阳、九江等地连败十三仗，丧失了全部辖地。
五月，李自成率兵一部退至湖北通山县九宫山时，遭当地地主武装袭击，不幸牺牲，大顺政权遂而瓦解。
其余部30余万后来在李过、李来亨等领导下与南明政权联合，继续抗清，最后于康熙三年（1664年）失败。
张献忠的大西政权由于地处四川一隅，对全局无太大影响，所以清廷在摧毁大顺政权和弘光政权之后，开始把注意力转向割据一方的大西军。
顺治三年（1646年），豪格率清军由陕西入川，征讨“大西”
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