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1987年，日本国有铁道（JNR）开始实行铁路私有化并拆分为数个独立的地方铁路公司。
在此之前，全国的客运和货运铁路网均由日本国铁负责运营。
日本国铁的继承者目前包括JR（日本铁路）集团的六个客运铁路公司，一个货运铁路公司以及若干个附属公司。
1988年，日本青函海底隧道贯通，将北部岛屿北海道与本州连为一体，而濑户大桥则实现了本州与四国岛的对接，至此，铁路终于将日本四大岛屿连接在一起。
地铁是日本人日常出行的主要市内交通工具，东京地铁网络发达，拥有13条线路，285座车站，线路总长304.1千米，日均客流量为1040万人次，位居世界城市地铁客流量第一。
日本现有十二座城市开通了地铁线路。
日本的第一条地铁是1927年开始运营的东京银座线的一段。
东京现有13条地铁线，很多地铁线还与市郊铁路线相连，将运营业务拓展到郊区。
新干线
日本新干线是一个高速铁路运营系统，由7条常规线路（东海道新干线、山阳新干线、东北新干线、上越新干线、北陆新干线、九州新干线、北海道新干线）和2条通常被称为“小型新干线”
的线路（秋田新干线、山形新干线）组成。
常规线路的列车仅在新干线专用轨道上运行，而“小型新干线”
的列车在新干线专用轨道和标准的慢速轨道上均可运行。
这样，新干线从本州的最北端青森到九州的最南端鹿儿岛，以最高时速超过300km的速度连接主要城市，作为日本的大动脉，发挥着重要作用。
自1973年起，日本就开始计划增设几条其他新干线线路，这些线路的某些路段仍在施工当中。
新干线列车N700S
东海道新干线沿552.6千米的东京新大阪走廊运行，这条线路长期以来一直被视为日本的交通大动脉。
该线的列车运行时速最高可达285千米，东京和新大阪之间的最短运行时间现为2小时22分。
新干线自1964年投入运营以来，在高速运行、安全性、运输量和准时性方面都保持着非凡的记录。
新干线每条路线平均每小时单程最多运行达14列，准确度维持在平均误点0.6-1分钟之内。
并且，自开业以来，没有发生过一次列车冲撞、脱轨等死亡事故，在安全方面创立了令人钦佩的记录。
2016年3月26日，北海道新干线开通，日本新干线网由此几乎覆盖北海道至南部九州岛主要岛屿。
空运
日本航空业相当发达。
以东京成田和羽田机场以及大阪关西机场为中心，形成四通八达的空运网络。
主要航空公司有日本航空公司（JAL）、全日本空输公司（AllNipponAirwaysCo.，简称“全日空”
），年运送旅客约1亿人次，运输货物约220万吨。
据日本国土交通省数据，2020年日本各大航空公司国内航线旅客运输量为4674万人次，同比下降56.2%，国内航空货物运输量49.7万吨，同比下降37.3%；国际航线旅客运输量为436万人次，同比下降81.4%，国际航空货物运输量128.2万吨，同比下降11.2%。
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