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他们尝试用朗基努斯之枪封印住“亚当”
，但是失败了。
第二次冲击的惨案生，南极大6化为空洞，幸运生还的年幼美里也出现在了画面之中。
她生还后还患上了失语症，很长时间才从中走出来
从此南极大6变成控工，海平面上升数十米，就连地球的自转轴也出现偏离，灾害不断。
地球生剧变，然而在其描述中，被高层们掩盖了下来，将其描述为一场陨石撞击的天灾，而非人祸。
而在see1e组织高层中，死海文书的内容再次得到了验证。
接着在他们的授意下，e计划启动，即复兴亚当计划。
然后他们又在死海文书内容的提示下，他们在如今新魔都市的地方现了另外一个巨大地洞。
而gehirn研究所就在这里建立了起来。
在这之后，e计划的进程加快，他们建造出了eVa初号机的头颅和脊髓。
冬月博士便因此被碇源堂所蛊惑，加入到了制作eVa机体的项目之中。
而就在e计划进行中，名为慕赤子的女人出现，她是级计算机科学家，而她就是律子的母亲。
她被碇源堂重用，着力研出了后面成为neRV总部独立系统的magI计算机系统。
然后……
初号机也开始着手建造，但就在这个时候，碇唯带到了此时还只是小孩子的碇真嗣来到初号机的研基地。
然后……她就这样失踪了。
剧集里没说为什么，总之她就意外失踪了，给碇真嗣造成很大心理阴影。
他直接就此离开了新魔都市。
但碇源堂的脚步却未就此停止，零号机和初号机的研还在继续，他还提出了一个全新的计划。
虽然他没有明说计划是什么，但是大家很清楚……
这大概就是那个被反复提及的“人类补完计划”
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